Según documentos de mediados del siglo XVI, Machu Picchu habría sido una de las residencias de descanso de Pachacútec (primer inca del Tahuantinsuyo, 1438-1470). Sin embargo, algunas de sus mejores construcciones y el evidente carácter ceremonial de la principal vía de acceso a la llaqta demostrarían que esta fue usada como santuario religioso. Ambos usos, el de palacio y el de santuario, no habrían sido incompatibles. Algunos expertos parecen haber descartado, en cambio, un supuesto carácter militar, por lo que los populares calificativos de "fortaleza" o "ciudadela" podrían haber sido superados. Machu Picchu es considerada al mismo tiempo una obra maestra de la arquitectura y la ingeniería. Sus peculiares características arquitectónicas y paisajísticas, y el velo de misterio que ha tejido a su alrededor buena parte de la literatura publicada sobre el sitio, lo han convertido en uno de los destinos turísticos más populares del planeta.
Machu Picchu está en la Lista del Patrimonio de la Humanidad de la Unesco desde 1983, como parte de todo un conjunto cultural y ecológico conocido bajo la denominación Santuario histórico de Machu Picchu.
El 7 de julio de 2007 Machu Picchu fue declarada como una de las nuevas siete maravillas del mundo moderno en una ceremonia realizada en Lisboa, Portugal, que contó con la participación de cien millones de votantes en el mundo entero.